محمد بن عبدالله بن سعيد بن خلفان الخليلي، ولد في سمائل، واختلف المؤرخون في تاريخ ميلاده؛ قيل: عام ١٢٩٩هـ، وقيل: ١٢٩٥هـ، نشأ في رعاية والده، وعاش مدةً في وادي محرم، ثم انتقل إلى سمائل، وسكن في محلة سحرا.

قرأ الخليلي النحو والصرف على محمد بن عامر الطيواني، كما درس عند أبيه عبدالله وعمّه أحمد. ثم انتقل إلى القابل ليدرس عند عبدالله بن حميد السالمي.

بويع الخليلي بالإمامة بعد مقتل الإمام سالم بن راشد الخروصي في جامع نزوى. وقّع الإمام صلحاً مع السلطان تيمور بن فيصل (حكم:١٣٣١-١٣٥٠هـ) «اتفاقية السيب»، وقعها عن الإمام عيسى بن صالح الحارثي في ١١ محرم ١٣٣٩هـ. وأسس الإمام الخليلي مدرسة في المسجد المتاخم لقلعة نزوى.

وقعت في عهد الإمام الخليلي العديد من الوقائع؛ منها: وقعة نخل في ذي الحجة ١٣٤١هـ وقد خرج إليها الإمام بنفسه، ووقعة الطو في عام ١٣٦٢هـ، ووقعة جعلان. ومنها وقعة الحمراء عام ١٣٥٨هـ، والتي سلم شيوخ العبريين الأمر فيها للإمام، ودخل الإمام الحمراء راجلاً عن طريق بَهلا. وقدّموا عليهم محمد بن حمد العبري شيخاً خلفاً لإبراهيم بن سعيد العبري. ووقعة السليف عام ١٣٦٣هـ، فأخذ الإمام المشورة من عامله أبي زيد الريامي الذي تكفل بالإنفاق على الجيش مالاً وذخيرة، فانتقل الإمام إلى بَهلا، واستدعى القبائل للقيام على السليف، وبعد توطيد الأمن في الظاهرة، رجع بعد ٣٤ يوماً وجيشه على نفقة أبي زيد الريامي.

عانى الإمام الخليلي في آخر حياته من ضعف بصره، فأرسل إليه السلطان سعيد بن تيمور البوسعيدي الطبيب ويلز توماس عام ١٩٥٢م، فعالج الإمام ورجع إليه بره.

ترك الإمام الخليلي فتاوى فقهية قام بجمعها سالم بن حمد الحارثي في كتاب بعنوان «الفتح الجليل من أجوبة الإمام أبي خليل».

توفي محمد بن عبدالله الخليلي بتاريخ: ٢٩ شعبان ١٣٧٣هـ.